Backofen auf 180 °C vorheizen. Zwiebel und Knoblauch würfeln. Öl in einem Topf erhitzen und Zwiebel und Knoblauch darin drei bis vier Minuten glasig anbraten. Spinat hineingeben und mit 100 ml Brühe ablöschen. Mit Pfeffer und Muskat würzen und ca. 15 Minuten köcheln lassen.
Zwei EL Butter in einer beschichteten Pfanne erhitzen. Mehl zur Butter und gelegentlich umrühren bis eine goldbraune Mehlschwitze entsteht. Die restliche Brühe und Sahne dazugeben und aufkochen lassen. Gorgonzola einrühren, Spinat dazugeben und mit Pfeffer und Salz abschmecken.
Eine Auflaufform einfetten. Gnocchi's kurz in Wasser garen und anschließend mit der Spinatsoße vermengen. Mozarella darauf verteilen und mit Pinienkernen bestreuen. Für 20-25 Minuten überbacken.